정지 후 오래 두면 흙이 마르거나 비가 왔을 때 파종이 어려워지므로 바로 파종을 해야 합니다. 복토직파기는 토양수분상태에 따른 작업가능 범위가 넓기 때문에 건답과 습답상태의 작업이 모두 가능합니다. 파종 전 종자에 까락이 있으면 종자 호스가 막히는 경우가 있으므로 정선을 깨끗하게 잘 하여 사용해야 합니다. 종자는 10a에 5~7㎏ 정도가 소요됩니다. 복토재료는 모래형태의 규산질 비료를 이용합니다. 이 때 규산질 비료량은 10a에 160~200㎏ 정도 소요됩니다. 벼농사에서 규산질 비료는 필수적인 것으로 복토용으로 쓰면 별도로 사용하지 않아도 되기 때문에 편리합니다. 복토직파기로 직파할 때 완효성 복합비료를 측조 시비하면, 볍씨가 뿌려지는 옆쪽이 비료가 살포됩니다. 이렇게 시비가 동시에 됨으로써 비료를 별도로 주지 않아도 되기 때문에 그만큼 노동력을 절감할 수 있습니다. 이렇게 하여 복토직파기 한대로 하루에 4ha 이상 파종이 가능합니다.