파종 시기는 대목과 접수의 크기가 같거나, 접수가 대목보다 좀 더 어리도록 대목과 접수를 같이 파종하거나, 계절에 따라 대목을 일주일 정도 먼저 파종합니다. 고추는 고온성 작물로, 싹이 트는데 25∼30℃에서 5∼7일 정도의 기간이 소요됩니다. 대목의 줄기가 상대적으로 접수보다 가늘면 접목 후 묘가 휘어서 구부정한 묘가 되기 쉬우므로 환경 및 양분, 수분 관리를 잘하여 대목을 충실하게 길러야 합니다. 온도는 낮 25℃, 밤 20℃로 온도관리에 변화를 주어야 하며, 지나친 고온과 저온에서는 뿌리 활력이 떨어지므로 지온이 30℃ 이상 넘지 않고 15℃ 이하로 떨어지지도 않게 합니다. 햇볕을 적게 받으면 동화작용에 의한 양분 축적량이 적어져서 꽃이 잘 떨어지고, 수정기능도 떨어지게 되어 결실이 잘 되지 않습니다. 씨를 파종하고 충분히 관수한 후 싹이 틀 때 까지는 육묘상을 비닐 등으로 덮어서 밀폐시켜 수분증발을 막으면서 온도를 알맞게 유지시켜 줍니다.