심을 때는 육묘할 때 심겨졌던 깊이 정도로 심는 것이 가장 좋습니다. 특히 접목묘를 정식할 때는 접목부위가 지면에서 최대한 많이 떨어지도록 심어야 합니다. 시설재배의 경우 노지 재배보다 약간 넓게 심는 것이 웃자람을 막을 수 있으며 관리도 쉽습니다. 웃거름은 고추의 생육상태를 봐서 결정합니다. 통상적으로 정식 후 30~35일 경부터 20일 간격으로 4번 정도 주는데 한 번 주는 양은 10a당 요소 5-6kg, 염화가리 2kg을 줍니다. 하우스 내에서는 가스 발생에 의한 피해가 발생될 수 있으므로 가급적 800~1000배의 액비를 만들어서 관수하도록 하는 것이 좋습니다. 고추는 토양이 너무 건조하면 수량이 저하되고 너무 과습하면 웃자라고 병이 심해집니다. 토양의 상태를 보아가며 3~4일에 한 번 정도 점적관수를 해주는 것이 좋습니다. 고추는 저온에 약하므로 시설재배를 하는 경우에는 반드시 비닐 멀칭을 하여 지온을 높여주어 뿌리의 활동을 왕성하게 해야 좋습니다. 멀칭 방법은 통로를 제외하고 이랑 전체를 피복 해주는 것이 좋습니다.