고추는 육묘 기간이 60일~90일 이상으로 길고, 본엽이 3∼4매 전개될 때부터 시작해서 육묘 기간 중에 약 30개 정도의 꽃눈이 생기기 때문에 묘의 소질이 초기 수량에 큰 영향을 미칩니다. 고추 재배에서 가장 피해가 심한 역병을 방지하기 위해, 최근에는 고추묘도 역병에 저항성을 가진 고추 대목을 이용하는 접목묘를 씁니다. 접목묘는 실생묘를 비해 육묘기간이 일주일 정도 길고 대목은 옮겨 심지 않고 접목을 하기 때문에 폿트가 큰 105공, 72공, 50공짜리 플러그 트레이가 이용됩니다. 접수는 대목에 비해 상대적으로 육묘기간이 짧기 때문에 좀 더 작은 크기의 트레이를 이용해도 됩니다.