방제 적기는 보통 장마가 시작되는 6월 하순부터 수확기에 접어드는 8월 중순까지 10일 간격으로 5~6회 방제해야 높은 수량을 얻을 수 있습니다. 소규모 재배에서는 인력분무기를 이용하여 방제하지만 대규모 재배에서는 광역방제기를 이용하면 효과적입니다. 약을 뿌릴 때에는 잎과 줄기에 충분한 약액이 묻도록 10a당 120∼140ℓ를 뿌려주어 방제효과를 높이도록 합니다. 방제시기를 놓치게 되면 방제효과가 떨어지게 되므로 반드시 적기에 약제를 살포하도록 해야 합니다. 특히 참깨는 결실기에 날씨가 가문 듯한 해에 잘 되는데 가문 해는 시들음병과 진딧물 방제에, 비가 잦은 해는 역병과 잎마름병의 방제에 더욱 주의를 기울여야 합니다.