사과를 선별할 때는 흠집이 있는 것, 병이든 과실, 지나치게 크거나 지나치게 작은 과실은 저장하지 않는 것이 바람직합니다. 사과 '후지'는 과실이 익은 후 제때에 수확하지 않고 늦게 수확하게 되면 과실 내부에 밀증상이 발생하게 됩니다. 과실은 저장 시 저장온도가 낮을수록 미생물의 생장 및 번식이 억제될 뿐만 아니라 과실의 호흡 및 에틸렌에 대한 반응이 억제되어 과실의 장기저장에 유리하지만 사과나 배의 경우에는 -3℃ 이하에서는 조직의 결빙에 의해 동해를 받게되므로 -1~0℃ 범위 내에서 저장온도를 조절해야 합니다. 그런데 저장고 내의 원활한 통풍을 위하여 팔레트와 팔레트 사이 및 팔레트와 벽면 사이에는 약 50cm, 천장 사이에는 최소한 1m 이상의 공간을 두고 상자를 배치해야 하며 과실 상자는 통풍이 좋은 플라스틱 상자를 이용하는 것이 좋습니다.