마늘의 저장력은 품종에 따라 차이가 있는데 대체로 휴면이 얕은 제주종, 고흥종, 대서마늘, 남도마늘 등의 난지형 마늘은 맹아가 빨라서 저장기간이 연장됨에 따라 감모율 및 부패율이 많아지게 되므로 김장용으로 소비하는 것이 바람직하며, 휴면이 깊은 서산종, 의성종, 단양종 등의 한지형 마늘은 맹아가 늦기 때문에 이듬해 봄까지 장기저장이 가능하다.
온도 0∼20℃ 사이의 가급적 시원하고 바람이 잘 통하며 습하지 않은 간이저장고, 창고, 헛간, 햇볕이 들지 않는 곳에 건조시키며 10월 하순까지 저장한다.
간이 저장하여 수분이 60∼65% (마늘 껍질수분)로 건조된 마늘을 습도 63∼73%, 온도 0∼2℃ 정도로 한다. 겨울철에도 온도변화가 적어 0∼2℃를 유지할 수 있고 가장 추울 때에도 영하 4℃이하로 내려가지 않는 저장고나 창고에 저장한다. 10월 중순∼11월 중순에 간이저장 마늘 다시 선별하여 저장한다.
잠깐씩 먹을 다진 마늘은 오래 놓아두면 상하거나 색깔이 변해버린다. 이럴 때는 마늘에 흰 설탕을 약간 섞은 후 투명한 비닐 팩이나 용기에 담아 밀봉해 냉장고에 보관한다. 이렇게 하면 당분간은 색깔이 변하기 않고 맛도 그대로 보존 된다. 깐마늘은 마늘 인편을 깨끗이 씻어 물기를 완전히 빼고 밀폐용기에 담아 보관한다. 통마늘은 투명한 비닐 팩에 담아 밀봉 후에 바늘구멍을 여러 개 뚫어주면 호흡작용으로 발생한 탄산가스를 확산시켜 가스피해를 막아 마늘인편이 변색되는 것을 경감시켜 오래 보관할 수 있다. 냉장보관은 5일 이상 두지 않도록 적당한 양만 보관한다.
마늘을 한꺼번에 많이 다진 후 비닐 팩 등에 얇게 펴서 누르거나 랩으로 길쭉하게 말아 냉동실에 바로 넣어둔다. 이렇게 여러 개를 해놓고 필요할 때 꺼내 먹으면 간편하며 색깔이나 맛도 변하지 않는다. 하지만, 냉동실에서 꺼내었을 때 딱딱해서 잘 잘라지지 않아 사용하기 불편한데, 마늘을 다질 때 소량의 식용유를 첨가하여 함께 다지면 쉽게 잘라서 이용할 수 있다.
오래 보관하여 쪼그라든 마늘은 햇볕에 바짝 말리거나, 깐마늘은 반으로 절단한 후 60oC에서 2시간 이상 충분히 건조시킨 후 분쇄기를 이용하여 분말형태로 만든다. 소금과 마늘 분말의 비율을 약 4대 1로 하여 분쇄기에 함께 넣은 후 1~2초 정도 섞어준다. 이때 너무 오랜 시간 분쇄기로 갈게 되면 소금이 마늘 분말과 서로 엉키어 덩어리 형태로 변하니 주의한다.
깐마늘을 세척한 후 물기를 제거하여 포도주에 완전히 담가 냉장고에 넣어 보관하면 마늘 특유의 향미를 유지시키면서 미생물의 번식 없이 오랜 시간 보관할 수 있다. 이를 상온에 보관 시 미생물이 급속하게 번식하므로 반드시 냉장고에서 넣어둔다.
깐마늘을 식용 기름에 담근 후 냉동보관하면 변색이나 미생물의 번식 없이 마늘 향미를 유지시키며 약 3주간 보관이 가능하다. 상온보관 또는 4주 이상 냉동보관은 미생물 번식 위험, 특히 보토리스 균의 번식위험이 크므로 피하도록 한다.
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