다섯 번째로는 토양소독을 해야 합니다. 수박을 연작하다보면 여러 가지 토양 전염성 병이 많아지므로 토양소독이 필요합니다. 약제소독을 할 수도 있지만 수박을 수확한 후 비닐을 바닥 전면에 깔고 하우스를 밀폐시켜서 맑은 날 2~3일간 두면 하우스 안의 토양온도가 60℃ 이상 올라가면서 살균이 됩니다. 이 방법은 친환경적인 토양소독법이라고 할 수 있습니다. 시설재배지의 염류집적이 심한 경우에는 힘이 들기는 하지만 아예 일부 흙을 걷어내고 새 흙으로 객토를 해주거나, 포크레인 같은 것으로 40~60 정도의 속흙과 겉흙을 뒤집어주는 환토를 해주는 것도 일시적이기는 하지만 한 가지 방법이 됩니다. 수박은 주산지의 경우 연작으로 인한 피해가 의외로 많은 편입니다. 수박시설재배 농가 중에서 거의 20~30%는 알게 모르게 염류집적으로 인한 피해를 보고 있습니다. 농사의 기본인 토양관리를 합리적으로 해 준다면 품질이 우수한 수박을 생산할 수 있을 것입니다.