제초작업 노지에서 고추를 재배할 경우에는 재배면적이 많기 때문에 발생하는 잡초를 손으로 제거하기는 어렵다. 그래서 일반적으로 잡초발생 방제에 사용되는 방법이 흑색비닐 멀칭과 제초제의 사용이다. 제초제를 사용하지 않고 비닐멀칭만을 할 경우에는 투명이나 백색 비닐필름보다 흑색비닐멀칭이 잡초 발생량이 적었으나 적산온도 면에서 보면 다른 피복자재들보다는 떨어진다. 밭 전체를 피복하면 잡초의 발생이 훨씬 줄어드나 일반농가에서는 헛골에 웃거름하는 경우가 많으므로 두둑만을 멀칭한 후 제초제와 병행해서 사용하는 것이 잡초발생을 줄이는 데 효과적이다. 제초제 사용의 경우에는 아주심기 후에 사용하는 종류와 비닐멀칭을 하기 전에 사용하는 종류가 있다. 아주심기를 한 후에 사용할 경우에는 바람이 없는 날에 살포해야 하며, 살포시 고추나무에 묻지 않도록 주의하여 살포한다. 살포시기는 잡초가 발생하기 전인 옮겨심은 1∼2일 후가 적당하며 사용적량을 지켜 토양 전면에 골고루 묻도록 살포한다. 밭이 건조할 경우에는 약량은 동일하게 하나 물량을 늘려서 살포하면 효과적이다. 아주심기 전에 사용하는 제초제는 본밭의 땅고르기 작업을 한 다음 약제를 골고루 살포하고 비닐피복을 한 다음 2∼3일 이내에 옮겨 심도록 한다. 따라서 흑색비닐로 멀칭할 경우에는 헛골에만 제초제를 살포하도록 한다. 제초제를 사용한 후에는 반드시 분무기를 맑은 물로 충분히 세척하도록 하며, 만약 그대로 다른 살충제나 살균제를 사용하였을 경우에는 고추에 이상증상을 나타내는 경우가 있으므로 주의하여 사용한다. 제초제를 사용할 경우에는 사용설명서를 충분히 읽은 후에 사용하여야 하며, 용도에 알맞도록 사용한다. 제초제는 독성이 강하므로 사용할 때에는 보안경의 착용과 피부의 노출을 줄이도록 한다.