물주기 고추의 뿌리는 주로 표토 부분에 분포하기 때문에 토양이 건조하면 수량이 낮아지고 여러 가지 생육장해를 일으킨다. 따라서 토양수분을 적당히 유지해줌으로써 좋은 생육과 수량을 올릴 수 있다. 토양수분이 pF 2.0∼2.5 사이일 때 관수를 하는 것이 가장 적당하다고 한다. 노지 재배에서의 적정 관수량은 80∼90cm이랑에서는 15mm(1㎡당 15ℓ)로 관수하는 것이 증수효과가 있어 이를 표준 관수량으로 보는 것이 좋다. 관수하는 방법으로서는 이랑에 물을 주는 방법과 점적 관수시설을 설치하여 관수하는 방법이 있는데 밭에서는 물과 비료를 함께 줄 수 있는 점적관수 방법이 효과적이다.